بعد أن تولى الرئيس مرسى السلطة، كانت العلاقة بينه وبين المؤسسة العسكرية مضطربة. وقد بدأ ذلك منذ الإعلان الدستورى المكمل الذى أصدره العسكرى، والذى كبل فيه الرئيس القادم. هنا بدت الإخوان تتحين الفرصة للخلاص من هيمنته، بإلغاء الإعلان والانفراد بالسلطة، ساعدها الاستشعار بأنها حائزة على ثقة الناخبين. وقد خدمت الظروف الإخوان إذ وقع حادث رفح، واتهم الجيش بالتقصير. وقام الرئيس بعد الحادث بإقالة مدير المخابرات العامة وقائد قوات الأمن المركزى ومحافظ شمال سيناء، واستغل ما تعرض له هشام قنديل من مهانة أثناء تشييع جنازة الجنود، وأقال كلا من قائد الشرطة العسكرية ومدير أمن القاهرة. إضافة لما سبق استشعرت القيادة السياسية نوعا من الغصة فى حلق القوى المدنية من الجيش بسبب انتهاكاته فى حق الثوار، ومن ثم قدرت الموقف بأن قرارها بتنحية العسكرى سيحظى بدعمها. وأخيرًا، كان هناك ما سمى يوم الثورة الثانية، وهى ثورة على حكم مرسى، وكان مخططا لها يوم 24 أغسطس. هنا قام الرئيس فى 12 أغسطس بإعلان دستورى ألغى فيه إعلان العسكرى، وقام بتنحية المجلس العسكرى، وتغيير وزير الدفاع ورئيس الأركان ورئيس هيئة العمليات وبعض قادة أفرع الجيش وقادة الجيشين الثانى والثالث. وقد تم ذلك وسط ذهول عام، لجرأة الرئيس وصمت الجيش واستجابته، ما جعل الكثيرين يثنون على قيادات الجيش باعتبارها قيادات محترفة تحترم الديمقراطية، ولا تريد إحداث مشكلات.
ورغم أن الأوضاع أصبحت مستقرة فى علاقة الجيش بالرئيس، لا سيما بعد أن حصل الجيش على ما يريد فى الدستور، وبقاء الكلمة الأخيرة له فى بعض الأمور كمشروع تنمية سيناء والترشح للانتخابات ومياه النيل، إلا أن مؤشرات كثيرة تشير لغير ذلك، فوزير الدفاع ما انفك فى خضم الخلاف بين الرئيس والقوى السياسية والشعبية يصدر تصريحات بوقوف الجيش إلى جوار الشعب، وعدم استخدام العنف إزاءه، وهى تصريحات ربما تثير غضب الرئيس والجماعة. كما أن حادث اختطاف الجنود بالعريش أثر بشدة على العلاقات بينهما، بعدما اتهم الرئيس بالدفاع عن الخاطفين، وتكبيل الجيش بعدم تعقب الخاطفين فى حينه. المهم فوق هذا وذاك أن شعور الجيش بثقة الشعب المتزايدة فيه ستكون على الأرجح مصدر قلق كبير للإخوان، مهما عبر الجيش عن حياده. تلك الثقة ربما تجعل الإخوان يراجعون أنفسهم دائمًا، ويدركون أن وجودهم بالسلطة مرتبط بالانتخابات الحرة والنزيهة فحسب.
