يضم المركز ثلاث متاحف هي متحف محمود سعيد ومتحف سيف وانلي وأدهم وانلي ومتحف الفن الحديث بجانب قاعة أجيال والتي تشتمل على قاعتي عرض ( أجيال 1 – أجيال 2)، والتي تستضيف بمناسبة إفتتاحها معرضاً جماعياً يضم 37 فناناً من مخلف الأجيال وهم :(إبراهيم الدسوقي – أحمد رجب صقر – أحمد نوار – أمل نصر – إيفلين عشم الله – أيمن السمري – جابر حجازي – جمال لمعي – جيهان سليمان – حسن كامل – حمدي عبدالله – خالد زكي – خالد سرور - رضا عبدالسلام – ريم حسن – سعيد بدر – صلاح المليجي – ضياء الدين داوود – طارق ذبادي – عادل ثروت – عبدالسلام عيد – عبدالوهاب عبدالمحسن – عزيزة فهمي – عصام درويش – عصمت داوستاشي – فاروق شحاته – فاروق وهبه – محفوظ صليب – محمد سالم – محمد عبله – محمد مندور – محمود حامد – مصطفى عبدالمعطي – مصطفى الرزاز – مصطفى عبدالوهاب – نجلاء سمير – هويدا السباعي).
جدير بالذكر أن متحف محمود سعيد (8 إبريل 1897 – 8 إبريل 1964) إفتتح للجمهور في 8 إبريل 1973، وتم افتتاح متحف الفن الحديث سنة 1982، وتغير أسمه لمركز محمود سعيد للمتاحف بعد إضافة متحف لأعمال الأخوين وانلي وأفتتح للجمهور في أغسطس2000، وقد خُصص الطابق الأرضي ليكون متحفاً للفن الحديث يضم لوحات الفنانين المعاصرين، وخُصص الطابق الأول والعلوي ليكون متحف للفنان محمود سعيد ومرسمه ومتعلقاته الشخصية والميداليات وبعض الكتب الفنية والمجلات، وخُصص الدور الثاني العلوي متحفاً للأخوين سيف وانلي وأدهم وانلي، وعند مدخل الحديقة أُقيم مبنى المعارض الفنية المتغيرة " قاعتي أجيال".
والمتحف مُغلق منذ 23 أغسطس 2010 بسبب تضرر الأسقف والحوائط من الرطوبة وإرتفاع نسبة الملوحة، وقد تمت المعالجة الفنية والهندسية لها مع تحديث لمنظومة الأمن والحماية والخدمات، فضلاً عن تجديد قاعتي العرض بالمركز وإطلاق أسم "أجيال" عليهما برؤية وفلسفة جديدة تهدف إلى تواصل الأجيال (الرواد - الوسط – الشباب)، كما تم استحداث قاعة للعرض المتحفي المتغير لأعمال سيف وانلي المخزنة على أن يتغير العرض كل 3 أشهر.
