وتضم الدار بين جنباتها أكثر من 200 مخطوط منها ما هو نادر (كرحلة الحاج المغربي البيشي إلى الحجاز والتي يرجع تاريخها إلى أوائل العصر العثماني ولا يوجد لها نسخ أخرى في العالم) إضافة إلى عشرات الكتب التاريخية والمخطوطات الملونة التي أهداها الأمير عمر طوسون إلى الدار ونهب العديد منها وتم التحايل بتسجيلها عهدة متهالكة بسبب سوء الاستخدام.
ومن ثم قامت إدارة الدار، كما يقول الدكتور عمرو عبد العزيز منير، بجمع كل المخطوطات في دولاب حديدي مغلق بجوار نافذة الدار غير مكترثين بتعرضه للحرارة وسوء الأحوال المناخية منذ أكثر من تسع سنوات مما أثر على حالة المخطوطات والكتب وتعرض العديد منها للتلف بسبب سوء التخزين وسوء التجليد والحفظ.
